Το φαράγγι του Μαρτσάλου είναι ιδιαίτερα απότομο και δύσβατο και καταλήγει στο Λυβικό Πέλαγος, όπου υπάρχει ένα μικρό αλλά καλό Λιμάνι. Άλλωστε σε αυτό το γεγονός οφείλει η περιοχή το όνομά της μιας και στην αρχαία Λατινική γλώσσα «Μάρτσαλο» σημαίνει καλό λιμάνι.
Το λιμάνι αυτό ήταν από τα σπουδαιότερα των Μινωικών χρόνων όπως μαρτυρούν και οι αρχαιολογικές ανασκαφές που έφεραν στο φως έναν λιμενικό οικισμό που χρονολογείται το 1800-1600 π.χ.
Όταν ήρθε ο Απόστολος Παύλος στην Κρήτη και δίδαξε τον Χριστιανισμό τα πρώτα ησυχαστήρια και ασκητήρια ήταν το Μάρτσαλο και το Αγιοφάραγγο. Η περιοχή φαίνεται ότι ήκμασε τα πρώτα χριστιανικά χρόνια μέχρι και την μεσοβυζαντινή εποχή (100-800 μ.χ.) οπότε και θεμελιώνεται ο θεσμός του μοναχισμού σε μοναστήρια όπως τα γνωρίζουμε σήμερα.
Στο μέσον του φαραγγιού σε μια περιοχή που ονομάζεται «περιβόλι» υπάρχει μια πετρόκτιστη δεξαμενή στην οποία συγκεντρώνονταν το νερό μιας μικρής πηγής που υπάρχει δίπλα. Γύρω από αυτή τη δεξαμενή οι μοναχοί καλλιεργούσαν τη γη για να εξασφαλίσουν τα προς το ζειν.